Les abbés de la famille Bonald qui se succédèrent de 1449 à 1504 ne relèveront qu'une partie des ruines de l'abbaye mais reconstitueront l'essentiel de son temporel.
Le concordat de 1516 établi entre François 1er et le pape Léon X mis fin au droit d'élection de l'abbé, le roi disposant du droit de nomination et le pape celui d'institution.
On abusa très vite de la “commende” laissée à la discrétion de la couronne. Beaucoup de nominations relevèrent davantage de la faveur royale que du mérite.
Victime de cette pratique, Saint-Amand ne devait pas s'en relever. Ses abbés, cadets de maisons seigneuriales considéraient “leur abbaye” comme un bien familial que l'on transmettait d'oncle à neveu.
Les religieux s'opposèrent parfois aux abbés ainsi nommés.
Ainsi, en 1510, les religieux refusèrent de remettre les archives de l'abbaye à l'abbé Bertrand Chapt de Rastignac et dissimulèrent malicieusement l'essentiel des biens mobiliers de l'abbaye; à cause de cela, l'abbé ne put recevoir sa mense abbatiale. En 1514, le cardinal Amanieu d'Albret, après avoir eu l'abbaye de Brantôme et celle de Terrasson, obtint la commende Saint-Amand.

Il résidait principalement au château de Montignac y menant une vie dissolue. Sous son abbatiat, les bâtiments de l'abbaye furent abandonnés à leur triste état; les ressources étant emportées dans le tourbillon de luxure qui contaminait même la vie monastique de Saint-Amand.